Nach der Übernahme der Komturei durch den jungen Kanton Thurgau, entschied 1809 dessen Regierung, die Anlage als Zucht- und Besserungsanstalt zu nutzen. 1811 wurde diese in Betrieb genommen. Zur Anstalt gehörte ein stattlicher Landwirtschaftsbetrieb, die Staatsdomäne Tobel. Um 1870 wurde das Gefängnis massiv erweitert und im Haupthaus die Gefängniskapelle eingebaut.

1973 wurde die Anstalt geschlossen, nach dem sie schon lange Zeit als "Schandfleck" bezeichnet wurde. In der Gefängniszeit wurden viele Um- und Neubauten realisiert. Kurz nach der Schliessung der Anstalt wurden alle diese Bauten in einer Nacht- und Nebelaktion abgerissen, so auch der zwar historische, aber neu gebaute Südflügel.

Die Gesamtheit der nun noch vorhandenen Komtureigebäude und der Kirche wurde vom Denkmalschutz als wichtiges Baudenkmal eingestuft.

Über die weitere Verwendung des Komplexes bestand Unklarheit. 1986 wurde der Gutsbetrieb in die „Untere Mühle“ ausgesiedelt.  1991 scheiterte in einer Volksabstimmung das Projekt, in der Komturei ein „Museum für Bauern- und Dorfkultur“ einzurichten. Weitere Initiativen verliefen im Sand.

Nach Jahren der Ruhe wollte sich der Kanton der Komturei entledigen. Die Gemeinde Tobel-Tägerschen lehnte einen Kauf ab und geeignete Investoren wurden nicht gefunden. So blieb die Komturei im Besitze des Kantons, als letzte unrenovierte historische Ordensniederlassung des Thurgaus.